מאגר הנתונים מייחס חשיבות רבה לשמירה על צנעת הפרט (פרטים, משפחות, עסקים וכד') במסגרת השרות הניתן לקהילית המחקר במדעי החברה. המאגר מחויב להגנה על צנעת הפרט בקבצים הנמסרים למשתמשים.
במסגרת הכנת קבצי נתונים לשימוש, נמחקים כל הפרטים המזהים: שם, מספר זהות, כתובת ומספרי טלפון. יתרה מכך, אם לאחר מחיקת הפרטים האלה קיים עדיין חשש מזיהוי עקיף ע"י הצלבת נתונים אחרים בקובץ, ננקטות פעולות נוספות להגנה על צנעת הפרט: מחיקה, הקבצה או מיסוך משתנים והחלפת ערכים בין רשומות. במקרים בודדים, כאשר קובץ נתונים מכיל פרטים רגישים, הוא מסווג בקטגורית נגישות נמוכה כמו דרגת זמינות 3 של המאגר או קובץ MUC של הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה. פעולות אלה נעשות בנסיון לא לפגוע בערך המחקרי של הנתונים.
כל נסיון לזהות או להפיץ נתונים אודות "נחקר" (case) מתוך נתוני המאגר הינו הפרה של התחיבות המשתמש כלפי המאגר ושל חוק הגנת הפרטיות, תשמ"א- 1981. נסיון כזה מפר גם את ההתחיבות שנתן המאגר למקור הנתונים ועלול לפגוע בנכונות הציבור להשתתף בפעולות סטטיסטיות. משום כך מתחייב כל אדם המקבל נתונים מהמאגר :